Учитывая быстрое развитие ракетной техники во всех Вооруженных Силах и в Сухопутных войсках в частности, возникла необходимость и подготовки офицеров-командиров низового звена по ее обслуживанию и эксплуатации. В связи с этим 1 сентября 1958 г. директивой Главнокомандующего Сухопутными войсками № ОШ/5/268693 от 4 августа 1958 года ТЗАУ было реорганизовано в училище по подготовке командно-технического состава наземной ракетной артиллерии для Сухопутных войск численностью 700 человек с официальным названием «Томское ордена Красной Звезды артиллерийское училище». Начальником училища на протяжении 6 лет был полковник, с 27.04.1962 генерал-майор артиллерии Бабешко Александр Александрович (закончил службу генерал-лейтенантом артиллерии), а начальником учебного отдела –Герой Советского Союза полковник Толстой Иван Федосеевич.
Учебно-материальная база училища в это время претерпела существенные изменения – для первоначального обучения курсантов были получены учебные варианты ракетных оперативно-тактических комплексов Р-2 (8Ж38),самоходных Р-11 (8А61) и Р-11М (8К11), которые уже стояли на вооружении с 1951, 1955 и 1958 годов соответственно. С 1964 года в училище начали изучать самоходный ракетный комплекс Р-17 (8К14), он же 9К72 «Эльбрус», более известный на западе как SS-1 «Scud».
Обучение курсантов велось 3 года по программе среднего училища, поокончанию молодые лейтенанты получали диплом «Техника-электрика по специальности «Электрооборудование промышленных предприятий и установок».Каждый курс училища представлял собой учебный дивизион, разделенный на 3 батареи, а они в свою очередь на 4 взвода (они же учебные группы). Всего в 1960 – 1965 гг. ТАУ произвело 5 выпусков офицеров ракетчиков, среди которых было немало отличников и высокопрофессиональных специалистов.
Выпускники ТАУ убывали на службу во вновь формируемые армейские ракетные бригады и отдельные ракетные дивизионы танковых и мотострелковых дивизий Сухопутных войск, как на территории СССР, так и в группы советских войск в Восточной Европе.
Следует отметить, что переходТАУ на обучение ракетчиков еще до официального создания 17 декабря 1959 года Ракетных войск стратегического назначения (РВСН) подвигло руководство Вооруженных Сил СССР принять решение на формирование в июне 1960 года на базе училища и 11-й пушечной артиллерийской бригады нового ракетного соединения РВСН – 211-й ракетной бригады, размещенной в н.п. Итатка в 60 км от города Томск. В составе бригады создавалось 4 полка с ракетами Р-16, но еще в процессе создания бригады в мае 1961 года она получила статус 36-й гвардейской ракетной Венской Краснознаменной дивизии, управление которой в следующем году перевели в Красноярск без 2 полков, оставшихся в Итатке. Именно в составе этой дивизии 5 августа 1965 года произошла трагедия с группой курсантов ТАУ, проходившими в ней стажировку – при регламентных работах на ракете Р-16 произошла авария с гибелью военнослужащих.
В августе 1965 года история Томского артиллерийского училища завершилась – оно резко сменило профиль подготовки офицеров с преобразованием в училище связи. Курсанты 3-го курса (50 человек) были переведены в Коломенское ордена Ленина Краснознаменноеартиллерийское училище (где начальником был выпускник ТАУ генерал-майор артиллерии Голиков Андрей Алексеевич). Из плеяды этих курсантов в последующем высокие должности в учебных заведениях и ракетных частях Сухопутных войск занимали генерал-майор Ф.А. Осокин, полковники Ю.Б. Васенев, В.А. Гундерук, Н.Т. Карпов, М.Н. Сивак.
Остальные курсанты 3-го курса в количестве 155 человек убыли в Тульское артиллерийское инженерное ордена Ленина училище им. Тульского пролетариата, а 100 человек – в Сумское дважды Краснознамённое артиллерийское училище имени М.В. Фрунзе. Оставшиеся курсанты 1-го и 2-го курсов перешли на подготовку офицеров-связистов.При этом офицеры-артиллеристы преподавательского состава и значительная часть командного состава бывшего ТАУ были переведены в ракетные и артиллерийские училища и части. Боевая и учебная техника была передана в Казанское высшее командно-инженерное Краснознамённое училище ракетных войск им. маршала артиллерии М.Н. Чистякова и Саратовское высшее военное командно-инженерное Краснознамённое ордена Красной Звезды училище Ракетных войск им. Героя Советского Союза А.И. Лизюкова, готов